本发明公开了一种裂殖壶菌产EPA合成途径的鉴定方法,其是将裂殖壶菌种子液接种至发酵培养基中,摇床培养24h后添加碘乙酰胺,继续培养,分析添加碘乙酰胺的发酵液与未添加碘乙酰胺的发酵液中饱和脂肪酸、EPA和DHA+DPA的含量变化。本发明通过添加特异性地抑制PKS合成途径的外源抑制剂碘乙酰胺,实现了准确鉴定裂殖壶菌产EPA的具体合成途径,为裂殖壶菌EPA合成的基因改造策略提供参考。