TCGA数据挖掘鉴定CDKN2A作为肝细胞癌的生物标记物

作者：施旭佳; 尧晨光; 熊诗雯; 谭婷; 胡康洪^*

来源：生物信息学, 2023, 1-12.

• 肝细胞癌
• 慢性肝炎
• CDKN2A
• hub基因
• 生物标志物

肝细胞癌（Hepatocellular carcinoma，HCC）占所有原发性肝脏恶性肿瘤的75%，且在亚洲和非洲死亡率最高。目前HCC主要病因有慢性肝炎病毒感染（包括乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus，HBV）感染和丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus，HCV）感染），酒精肝及非酒精性脂肪肝肝炎，但HCC的发病机制仍不明晰。为探究HCC发生发展相关机制，本研究对TCGA数据库中的HCC转录组数据进行挖掘，将377例HCC组织样本按照是否存在HBV感染分为CHB＿HCC组（慢性HBV感染，270例）和Not＿CHB＿HCC（非HBV感染，107例）组共二组，二组中共包含43例非HBV相关癌旁组织样本作为对照。分别提取上述两组样本中肝癌组织与癌旁组织全基因转录组信息，进行基因转录水平差异分析，得到两组差异基因。将两组差异基因取交集，得到共有差异基因，随后对共有差异基因进行富集分析、生存分析及蛋白互作网络分析，最终得到与肝癌发生发展相关性最大的包括CDKN2A、CCNB1和EPO在内的9个hub基因。其中，CDKN2A在临床HCC样本癌组织中mRNA和部分样本中蛋白质水平均明显高于癌旁组织，此结果与转录组测序数据一致。尽管如此，生物学实验结果却显示，CDKN2A的过表达显著抑制了HepG2细胞的体外增殖和迁移。因此，本研究推测CDKN2A的过表达调控机制可能导致其在癌症早期、病毒感染及免疫逃逸等阶段促进HCC的发生发展，同时，生物信息学数据挖掘与分析CDKN2A的过表达与生存期的显著相关性，提示了其可作为HCC预后相关生物标记分子的潜力，这为HCC的诊断、预后和靶向治疗提供了新思路。

• 单位
  湖北工业大学; 湖北省工业微生物重点实验室