2009—2019年深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌基因组特征分析

作者：胡鹏威; 刘楚云; 王银秋; 何娇明; 袁月明; 袁梦^*; 段永翔

来源：中华预防医学杂志, 2021, 55(06): 774-779.

• 李斯特菌
• 抗药性
• 多位点序列分型
• 毒力基因
• 遗传进化

目的分析深圳市南山区食源性单核细胞增多性李斯特菌(Lm)基因组遗传家系、耐药基因、毒力基因和进化关系的特征性基线信息。方法对2009—2019年南山区食品中分离的46株Lm进行全基因组提取和二代测序(PE-150, 100×), 运用CLC Genomics Workbench 12.0软件组装、比对基因组及分析其管家基因、耐药基因、毒力基因和k-mer系统进化关系等特征。结果 46个Lm基因组组装后均满足分析条件(contigs N50>20 kb), 平均GC含量为38.3%、预测基因数为5 960个、基因组大小为2 952 608 bp;南山区Lm全基因组k-mer系统发生树可见14簇, 总体遗传距离较大, 其遗传家系包括21株Lineage 1、23株Lineage 2和2株Lineage 3, Lineage 1以ST87为主, 其余为ST3、ST59、ST224和ST429, Lineage 2以ST8和ST9为主, 其余为ST121、ST155、ST199、ST204和ST321, Lineage 3只见ST299;发现本地区Lm携带fosX(17株)、tetM(6株)、dfrG(4株)、catB3(1株)和mefA(1株)5种耐药基因, 均携带flaA、iap、actA、hly、mpl、prfA、plcA、plcB和inlB 九种毒力基因, 同时有6株inlA与3株inlJ发生变异和2株inlC缺失。结论深圳市南山区分离的食源性Lm呈现遗传进化多样性, 携带耐药基因情况较为严重, 特别是来源于生禽肉和金针菇的分离株, 且功能明确的毒力基因丰富齐全。

• 单位
  深圳市南山区疾病预防控制中心