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摘要
目的 基于生物信息学方法构建头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)焦亡相关lnc RNA对预后风险模型并进行评估。方法 从TCGA数据库中获取HNSCC的转录组数据,与焦亡相关基因进行共表达和差异分析,并以焦亡相关lnc RNA对展示。将HNSCC患者随机分为训练集(246例)和验证集(245例),采用Cox回归分析和改良Lasso惩罚回归进行预后模型构建。根据训练集风险评分的中位数将HNSCC患者分为高、低风险组,并计算所有样本的风险得分,采用Kaplan-Meier法对两组患者进行生存分析并绘制生存曲线。通过绘制ROC曲线评估模型的准确性。单因素和多因素Cox回归分析患者临床病理资料和风险评分与总生存率的关系,探索HNSCC预后危险因素。结果 在HNSCC中共提取到53个差异焦亡相关的lnc RNA(FDR<0.05,log FC>2),并以lnc RNA对形式进行展示。通过Cox回归分析和改良Lasso惩罚回归筛选出18个预后相关lnc RNA对用于预后风险模型构建。训练集和验证集结果表明,低风险组患者生存时间高于高风险组患者(P<0.05);预后风险模型1年总生存ROC曲线下面积>0.7;单因素和多因素Cox回归分析显示风险评分是HNSCC的独立预后因素。结论 基于18个焦亡相关lnc RNA对建立的预后模型可以有效预测HNSCC患者的预后情况,且风险评分是HNSCC的独立预后因素。
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