基于生物信息学数据库的结肠癌SDC4基因表达调控机制及作用研究

作者：唐梓涵; 袁炜嗣; 吴泽强; 张粤烽; 詹涵; 王琛瑶; 李恩民; 陈滋凯; 周飞^*

来源：韩山师范学院学报, 2023, 44(03): 13-23.

DOI：10.19986/j.cnki.1007-6883.2023.03.003

• 生物信息学
• 结肠癌
• SDC4
• 表达调控机制

为了揭示SDC4基因在结肠癌中的功能及其表达调控机制．通过GEPIA2、Ualcan与Oncolnc等数据库研究分析SDC4基因在结肠癌的表达及其对患者总生存期的影响．通过Wanderer、UCSC、Cistrome DB、miRcode和miRDB等数据库研究分析结肠癌SDC4基因启动子区的甲基化、组蛋白修饰，调控其表达的转录因子和miRNAs．通过GEPIA2、Ualcan、HCMdb与DAVID等数据库研究分析在结肠癌中与SDC4基因共表达的基因及其生物学作用．基于以上生物信息学数据库，研究发现，在结肠癌中：SDC4基因的表达水平显著增高，并与肿瘤组织分期、淋巴结转移正相关，与患者预后负相关．SDC4基因启动子区的甲基化水平显著升高，转录激活性组蛋白修饰H3K4Me1与H3K27Ac显著富集．SP1、TEAD4、JUND、FOSL1、NR1H3、PPARG、SRF、TFAP4共8个转录因子可能调控SDC4基因的转录表达．与此同时hsa-miR-194和hsa-miR-124也可能调控SDC4基因表达．hsa-miR-194和hsa-miR-124的表达下调．SERINC3、DNTTIP1、ATP9A、CHMP4B、BCL2L1、STAU1、SYS1、YWHAB、OSBPL2、SLC35C2、TM9SF4与SDC4基因共表达．SDC4基因可能参与调控结肠癌细胞凋亡、细胞通讯、物质运输与定位等生物学过程．基于生物信息学数据库研究发现的结果，为进一步阐明SDC4基因在结肠癌中的功能及其表达调控机制提供重要的线索．

• 单位
  潮州市中心医院; 韩山师范学院; 生命科学与食品工程学院; 汕头大学医学院