泥东风螺EST-SSR开发及其群体遗传多样性分析

作者：熊钢; 王晓清^*; 王佩; 陈贞年; 周先文; 康骊; 曾志南

来源：渔业科学进展, 2020, 41(04): 117-124.

DOI：10.19663/j.issn2095-9869.20190417002

• 泥东风螺
• 转录组
• EST-SSR
• 遗传多样性

本研究采用MISA软件分析泥东风螺(Babylonialutosa)转录组中微卫星信息。结果显示,从转录组中共获得16324个SSR,共有181种重复基元;泥东风螺转录组中不同类型微卫星的重复基元具有不同的分布特征,其中,二核苷酸重复基元中AC/GT(70.58%)重复基元以重复6次出现频率占优;长度为12～20bp的SSR占63.95%,长度为21～25bp的SSR占9.14%,总体的平均长度为18.4bp。随机选取其中50条序列设计引物,通过对福建野生泥东风螺群体(WP)DNA样本进行PCR扩增和分型,结果获得23个多态性位点,等位基因数目为2～7个不等,期望杂合度(Ne)为0.190～0.937,观察杂合度(No)为0.065～0.936,多态性信息含量(PIC)为0.061～0.777,有4个位点显著偏离哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE)(P<0.05)。对野生群体和养殖群体(BP)遗传多样性分析显示,野生群体和养殖群体的平均Ne分别为0.491和0.544,平均No分别为0.477和0.564,平均PIC分别为0.541和0.407。Fis结果显示,野生群体和养殖群体分别有13个和9个位点杂合子过剩。群体间遗传分化指数(Fst)为0.001～0.655,平均值为0.053 (0.05<Fst<0.15),属于中等程度分化。群体间的基因流值(Nm)为0.132～543.787,平均为4.450。两群体间的遗传距离为0.892,表明群体间的遗传分化小。本研究结果表明,泥东风螺野生群体和养殖群体均具有较高的遗传多样性,具有很大的选育潜力,开发的泥东风螺SSR标记对泥东风螺的群体遗传结构、图谱构建、增殖放流效果评估和分子辅助育种等研究方面具有重要意义。

• 单位
  动物科技学院; 湖南农业大学; 湖南生物机电职业技术学院; 福建省水产研究所