意思自治在知识产权领域多遭禁止。其原因在于，自治被认为会给国家、社会或者第三人利益造成净损害，具体体现为给第三人制造信息成本、侵占公有领域、损害消费者利益以及排除或者限制竞争。但知识产权领域的意思自治有其正当性。一是因为意思自治的正当性基础同样存在于知识产权领域。二是因为知识产权领域意思自治的社会收益可抵偿社会成本。一方面，知识产权领域的意思自治有提升社会整体福祉的潜力；另一方面，知识产权领域意思自治的社会成本并没有想象中的那般大。
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