基于生物信息学方法探究LINC00862在肝癌中的功能及作用机制

作者：张志伟; 龚娇; 揭育胜; 曹静; 黄思奇; 李荣; 崇雨田^*

来源：热带医学杂志, 2020, 20(07): 857-869.

DOI：10.3969/j.issn.1672-3619.2020.07.001

• LINC00862
• 肝细胞癌
• 生物信息学分析
• TCGA

目的基于生物信息学方法,研究LINC00862在肝细胞癌(HCC)发生发展中的功能和作用机制。方法从The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库下载肝细胞癌(LIHC)的RNA-seq数据及临床数据,进行生存分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)在肝癌组织和人肝癌细胞株中检测LINC00862的表达水平;通过R软件对LINC00862进行GO生物学功能富集分析;通过circlncRNAnet工具对LINC00862进行KEGG信号通路分析;通过circlncRNAnet工具预测与LINC00862直接结合的microRNA和蛋白,进一步通过Cytoscape软件进行展示。结果 TCGA数据分析提示,LINC00862在肝癌组织中显著高表达,且与HCC患者的预后负相关;其次,qRT-PCR进一步证实LINC00862在HCC组织和人肝癌细胞株中均为高表达;GO分析和KEGG分析提示,LINC00862可能与细胞核分裂、细胞器分裂、细胞有丝分裂等生物学过程相关,可能参与了脂肪酸代谢;circlncRNAnet分析提示,LINC00862可能通过与hsa-mir-216b-5p或hsa-mir-4711-3p结合或与SRSF蛋白家族相互作用从而发挥功能。结论生物信息学分析提示,LINC00862可能通过调控肝癌细胞的增殖从而参与HCC的发生发展。

• 单位
  中山大学附属第三医院