大白母猪乳头数全基因组关联分析

作者：石丽丹; 王小女; 张孟浩; 聚明明; 李新建; 韩雪蕾; **君; 李秀领; 周李生; 乔瑞敏^*

来源：中国畜牧杂志, 2021, 57(S1): 69-83.

DOI：10.19556/j.0258-7033.20210630-05

• 猪
• 乳头数
• 全基因组关联分析
• 基因定位

乳头数是评价母猪繁殖性能的重要参数,是大白猪选种的重要指标之一。本研究利用1 118头大白猪母猪群体,利用50K SNP芯片对该群体进行基因分型,采用单变量混合线性模型的全基因组关联分析(GWAS)及Fst选择信号分析,筛选该群体的左乳头数、右乳头数和总乳头数性状相关基因。结果显示:GCTA软件计算左、右、总乳头数性状的遗传力分别为0.062、0.006、0.047。GEMMA软件共检测到10个达到染色体显著水平(P<2.17E-05)的SNP位点,分别位于2个区间:1个位点(ASGA0092517)位于SSC16的关联区间为61.3～61.4 Mb,与左乳头数相关,AA基因型为优势基因型;9个位点位于SSC2的关联区间为123.1～124.0 Mb,与右乳头数和总乳头数相关,2个性状显著位点P值最小的位点为同一位点(ASGA0011685),TT基因型为优势基因型。GCTA软件选择信号分析结果显示,GWAS检测到的SSC2上的9个SNPs均超过显著性阈值(Fst值>0.12);SSC7上检测的41个显著SNPs中有40个位于已报道的乳头数相关QTLs中。2、7、16号染色体显著SNPs位点上下游1 Mb区域内共包含63个基因。其中,GABRG2、GABRA1、PRDM6、HSD17B4、HSD17B11、GABRB2、FAM170A、RAD51B为乳头数强相关基因。研究检测到显著区间可作为分子标记用于大白母猪乳头数的选育。

• 单位
  河南农业大学; 青岛农业大学; 动物科技学院