东方蜜蜂微孢子虫的基因结构优化及新基因鉴定

作者：熊翠玲; 童新宇; 陈华枝; 耿四海; 庄天艺; 郑燕珍; 付中民; 陈大福; 赵红霞; 郭睿^*

来源：环境昆虫学报, 2019, 41(02): 373-379.

• 东方蜜蜂微孢子虫
• RNA-seq
• 已注释基因
• 结构优化
• 新基因

东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae是一种寄生于蜜蜂中肠上皮细胞的单细胞真菌,对蜜蜂的健康危害严重,给世界各国的养蜂业造成较大损失。本研究基于前期获得的N.ceranae孢子的转录组数据对其已注释基因进行结构优化,并对未注释基因进行预测和分析。通过将测序得到的clean reads比对参考基因组和转录本重构,共对10个N.ceranae的已注释基因的5’端或3’端进行了延长。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共鉴定出27个新基因,随机挑选9个新基因进行RT-PCR验证,均能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的新基因真实存在。有6个新基因能够注释到GO数据库和6个基因注释到KEGG数据库。进一步分析结果显示上述新基因注释到细胞等10个GO条目上,它们可能在N.ceranae的生命活动中具有重要功能。研究结果为N.ceranae的基因结构和功能注释信息的完善提供了有益补充,也为新基因的功能研究打下了基础。

• 单位
  广东省生物资源应用研究所; 福建农林大学