清朝入关后承袭明制,沿袭太仆寺建置,于顺治元年委官建署,但因明清军政体制相异,太仆寺不再管理前明兼掌之马政及相关钱粮。顺治七年,为增加中央财政收入,太仆寺重掌马政相关钱粮,权势稍振。康熙二年,钱粮统归户部,太仆寺再度成为有秩无事的闲曹。这一时期,清廷内部新旧制度、满汉关系不断调整,太仆寺于康熙九年接管兵部大库口外马场,自此专营牧场,成为清朝八旗马政体系的一部分。清初太仆寺职权的演变反映了清朝入关后全面接触中原王朝体制、建立全国性政权时的承袭与调适。