非小细胞肺癌中PTCH1-3’-UTR调控的lncRNAs的ceRNA网络（英文）

作者：赵琛; 万学超; 伊传友; 秦睿; 孔哲; 黄燕

来源：复旦学报(医学版), 2018, 45(03): 305-315.

• 长链非编码RNA
• PTCH1-3’-UTR
• 内源竞争性RNA网络
• 表达谱
• 非小细胞肺癌

目的研究PTCH1-3’-UTR对lnc RNAs表达水平的影响,通过调控网络的分析,提示PTCH1-3’-UTR的功能。方法通过芯片筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs,并对部分结果进行荧光定量PCR验证。通过GO和KEGG通路分析调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs可能的生物学功能。通过TCGA数据分析调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs与NSCLC患者生存率的直接关系。结果荧光定量PCR验证了PTCH1-3’-UTR上调表达的lnc RNAs(LOC100507547,FAM41C,DOCK4-AS1,AC009305.1,KLF7-IT1,RP11-749H20.1,LINC01511)。GO和KEGG通路分析结果显示,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs与一系列的生物过程,包括基因转录、信号转导、蛋白质转运、翻译延伸以及钙信号通路、Jak-STAT信号通路、p53信号通路、胰岛素信号通路有关。TCGA数据分析的结果表明,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs中,NSCLC患者中高表达lnc RNA-CDKN2BAS或FAM66D者预后较差,而高表达lnc RNA-LINC00240、LOC400027、ABCC6P2或FLJ10038者可能预示高存活率。结论本研究结果提示了PTCH1-3’-UTR的功能,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNA可作为NSCLC预后标志物。

• 单位
  遗传工程国家重点实验室; 生命科学学院; 复旦大学