在经济发展背景下,行政事业单位面临着新的发展要求,内部控制是行政事业单位防范内部风险、提升内部管理、确保行政事业单位达到既定目标、实现预期目标和效益的有力保障。但是目前大部分单位的内部控制不够健全,单位层面、业务层面都存在不完善,本文对行政事业单位内部控制制度运行中存在的问题进行分析,进而探究建立健全行政事业单位内部控制制度的策略。