幽门螺杆菌VacA、CagA及BabA蛋白的二级结构和免疫表位预测分析

作者：薛利军; 苏全胜; 刘小北; 冒晓蓓; 任丽丽; 许晶; 褚晓源

来源：中国免疫学杂志, 2011, S1: 1153-1158.

• 幽门螺杆菌
• 二级结构
• B细胞表位
• VacA
• CagA
• BabA

目的:预测幽门螺杆菌的重要抗原组分VacA、CagA及BabA蛋白的二级结构和B细胞表位。方法:基于序列比对和进化树分析,选择幽门螺杆菌J99作为源菌株,进行相关蛋白质二级结构和免疫表位的预测。应用DNASTAR Protean软件,通过Chou-Fasman和Garnier-Robson方法,预测α螺旋、β折叠、转角以及卷曲结构;通过Jameson-Wolf、Emini、Kyte-Doolittle和Karplus-Schulz方法,分别预测抗原性指数、表面可能性、氨基酸亲水性和柔性区域。结果:VacA和BabA有较多的β折叠,CagA主要由大量α螺旋组成,三者转角或卷曲的构成比例则基本相似。VacA蛋白有5～11、28～31和1 235～1 243等18个优势B细胞表位区段,BabA的优势表位有19～25、41～55和692～702等16个区段;CagA有更多的B细胞表位,主要分布在5～12、40～57及1 154～1 167等30个区段。结论:基本明确了VacA、CagA及BabA蛋白的二级结构特征和B细胞表位区段,为进一步通过动物实验筛选出高效表位奠定了基础。

• 单位
  中国人民解放军东部战区总医院