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摘要
目的通过对多中心人类心力衰竭心肌细胞基因表达谱数据整理、分析,探索识别不同表达谱中相同结构蛋白基因的方法。方法选取14个已发表的原发病为扩张型心肌病和(或)缺血性心肌病的心力衰竭基因表达谱,筛选出各表达谱中差异表达≥1.4倍的心肌结构蛋白基因及功能蛋白基因。编写程序自动下载相关基因片段的序列,并建立数据库。根据表达谱中提供的识别号及相关注释信息,用BatchGenAna网站在染色体基因组上进行序列定位,通过定位图显示同一基因不同片段的定位信息。结果通过GenBank序号及芯片中克隆序号得到不同表达谱中相同序号的基因仅有23组,检出率低,漏检了相同基因的不同片段。通过染色体基因组比对、定位,检出不同表达谱中定位在同一染色体区域的相同基因的不同片段共51组,且集中定位在1、2、9、11、12、16号染色体上。通过定位明确显示此基因的编码区及调控区序列。结论基因组定位方法可识别不同表达谱中相同基因的不同片段,明确定位基因编码区及调控区,为后续的功能基因组研究提供可靠信息。
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单位中国人民武装警察部队总医院; 中国人民解放军总医院; 军事医学科学院基础医学研究所
