基于单拷贝SNP标记的棉花杂交种纯度高通量检测技术

作者：匡猛; 王延琴; 周大云; 马磊; 方丹; 徐双娇; 杨伟华; 魏守军; 马峙英

来源：棉花学报, 2016, 28(03): 227-233.

• 棉花
• 杂交种
• SNP
• 高通量
• 纯度

利用有代表性的材料进行SNP位点的全基因组扫描分析与综合评估,基于KASP技术开发1套适用于我国棉花杂交种纯度高通量检测的核心SNP组合。从63K的棉花全基因组芯片中筛选获得具有单拷贝特性的SNP标记分别为5474个(中棉所TM-1基因组版本)和1850个(南京农大TM-1基因组版本)。根据芯片扫描分析结果,权衡考虑位点多态性、分型效果、纯合率与杂合率等因素,最终从每条染色体上优选1个杂交种杂合率高且分型效果理想的核心SNP位点,合计26个。采用KrakenTM软件将SNP位点转化成KASP标记,利用SNPline平台进行SNP分型检测,实现了对大量样品的高通量基因分型,尤其适用于品种纯度快速检测,为SNP标记技术在棉花品种鉴定及指纹数据库构建等方面的应用奠定基础。

• 单位
  棉花生物学国家重点实验室; 中国农业科学院棉花研究所; 河北农业大学