伴放线放线杆菌细胞致死性扩张毒素序列进化分析

作者：孙静华; 张琛; 喻钢; 侯本祥

来源：牙体牙髓牙周病学杂志, 2017, 27(09): 493-535.

DOI：10.15956/j.cnki.chin.j.conserv.dent.2017.09.001

• 伴放线放线杆菌
• 细胞致死性扩张毒素
• 进化
• 生物信息学

目的:应用生物信息学的方法研究伴放线放线杆菌(Aa)细胞致死性扩张毒素(CDT)的3个蛋白亚基在不同细菌中的序列变化情况,为牙周病中Aa菌株的检测提供思路。方法:运用ncbi genbank数据库、蛋白同源性比对(blast P和tblastn)及极大似然法构建进化树等,研究Aa中CDT蛋白的3个亚基在不同菌种的序列保守性。结果:在Genbank数据库674个属的细菌中,发现有20个属27个种含有CDT蛋白亚基,其中11个种的细菌只含有Cdt B蛋白亚基。在进化过程中,Cdt B与CDT其他两种亚基蛋白相比,序列间的变化无明显相关性,且蛋白序列更为保守。系统进化树分析表明,Aa的Cdt B蛋白与嗜血杆菌属、沙门氏菌属和螺杆菌属的细菌有较近的亲缘关系。结论:Aa CDT蛋白复合体的Cdt B与其他两个亚基的蛋白在序列进化上存在显著差异,推测一些菌种中CDT蛋白毒性功能的发挥并不需要3个亚基共同存在。

• 单位
  首都医科大学附属北京口腔医院; 中国食品药品检定研究院