浆液性卵巢癌铁死亡关键基因的筛选及生物信息学分析

作者：余娟; 林青青; 秦燕; 秦爽; 魏星^*

来源：生物信息学, 2023, 1-13.

• 浆液性卵巢癌
• 铁死亡
• 关键基因
• 生物信息学

利用生物信息学方法筛选浆液性卵巢癌相关铁死亡关键基因，并预测其生物学功能。从GEO数据库中获得有关浆液性卵巢癌的数据集GSE54388，GSE12470，采用R语言中的“limma”包分析挑选浆液性卵巢癌上皮组织与正常卵巢上皮组织中差异表达基因，绘制火山图，热图，Venn软件在线工具绘制GSE54388，GSE12470，FerrDb三个数据集韦恩图，对相关基因进行功能富集分析，蛋白互作分析，生存分析，对关键基因绘制ROC曲线进行诊断分析，采用GEPIA2 数据库对筛选基因进行验证，并进行免疫浸润分析。结果：从GSE54388中筛选出2 458个差异基因，其中上调1 309个，下调1 149个，从GSE12470中筛选出3534个差异基因，其中上调1 837个，下调1 697个，与铁死亡基因数据集取交集，共得到16个差异基因，蛋白互作网络筛选出7个基因构建的关键模块，绘制生存曲线发现浆液性卵巢癌患者中5个基因与患者总生存率不良相关，其中NRAS，PSAT1，CDKN2A，GDF15这4个基因高表达，CAV1的低表达，ROC曲线显示这5个基因中CAV1，NRAS，PSAT1的AUC诊断曲线面积大于0.95，有较高的诊断价值，GEPIA2 数据库验证发现5个基因的表达情况与预测相符，仅NRAS基因表达在浆液性卵巢癌患者Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期有显著差异（P<0.05），免疫浸润分析发现CDKN2A表达与aDC细胞浸润水平呈正相关（P<0.05，spearman相关系数0.353），CAV1表达与Mast细胞浸润正向关（P<0.05，spearman相关系数0.327），NRAS与T helper细胞浸呈正向关（P<0.05，spearman相关系数0.362）。通过生物信息学方法筛选出与浆液性卵巢癌铁死亡相关的5个基因：CAV1，NRAS，PSAT1，CDKN2A，GDF15，可能在浆液性卵巢癌的发生发展中起重要作用，具有成为该病诊断、治疗和预后的潜在分子生物标志物。

• 单位
  成都医学院; 绵阳市人民医院; 成都市郫都区人民医院