高校全面实施预算绩效管理是一个全方位、全过程的预算管理体系,需要建立强有力的内部控制作保障。目前高校内部控制仍然存在机制不完善、约束力不足以及信息化程度低等问题,这严重制约了全面预算绩效管理的有效实施。本文从预算绩效管理与内部控制的关系出发,分析高校内部控制促进预算绩效管理效果提升的作用机理,探究全面预算绩效管理背景下高校内部控制存在的问题,提出优化提升的对策。