宏基因组学技术分析四川省集约化猪场中仔猪腹泻粪便的病毒种群

作者：张家祺; 甲呷格西; 周群; 宋鑫; 张斌^*

来源：畜牧兽医学报, 2023, 54(06): 2478-2486.

• 仔猪病毒性腹泻
• 宏基因组学
• 分子特征

旨在了解四川省集约化猪场腹泻仔猪粪便中病毒种群的变化。于2019年从四川省15个猪场采集腹泻仔猪粪便样本共156份，每个猪场挑取3份样本混合成1个pool样，提取其总RNA并进行高通量测序，利用SOAP denovo软件进行序列组装，并对病毒的种类和分子特征进行研究。分析结果显示，腹泻仔猪粪便样本中的病毒种群包括12个科的20种病毒，以冠状病毒科(Coronaviridae)成员为主，与腹泻相关的主要病原有猪流行性腹泻病毒(porcine pidemic diarrhea virus, PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(porcine infectious gastroenteritis virus, TGEV)和猪轮状病毒(porcine rotavirus, PoRV)。获得PEDV N基因的完整基因组和TGEV、猪星状病毒2型(porcine astrovirus, PAstV-2)、posavirus 1和猪细小病毒4型(porcine parvovirus, PPV-4)的部分基因组。系统发育结果显示，PEDV、TGEV、PAstV-2、posavirus 1和PPV-4均与参考毒株有较近的遗传进化关系。研究结果表明，2019年四川地区仔猪腹泻粪便中病毒种类复杂多样，冠状病毒丰度有所上升，为四川省仔猪腹泻的防控提供了一定的数据支撑。

• 单位
  西南民族大学