蛋白质中两种Strand-Loop-Strand模体的判断

作者：李彩艳; 丁海麦^*; 乌兰; 何海燕; 闻昊坤

来源：包头医学院学报, 2023, 39(01): 1-17.

DOI：10.16833/j.cnki.jbmc.2023.01.001

• 蛋白质
• 超二级结构
• Strand-Loop-Strand模体
• Fisher判别法

目的:蛋白质的结构决定其功能，为了解蛋白质功能，需要了解蛋白质结构。随着基因测序的发展，大量蛋白质一级结构被测出，但直接从蛋白质的序列出发来预测高级结构，仍很困难，尤其是三级结构的预测。然而由超二级结构获得的结构信息可用于三级结构的预测，对蛋白质三维结构及功能预测有重大意义。方法:由一级结构出发，考虑氨基酸序列信息以及氨基酸的亲疏水性，利用Fisher判别法区分两种Strand-Loop-Strand超二级结构模体。结果:采用7交叉检验，Loop长为2～8时，最后平均结果为Q=71.8%,QL=68.2%,QH=73.4%,MCC=0.39。如Loop长度相差不大时，预测结果更好，如选取Loop长为2、3、4的序列，7交叉检验结果为Q=75.2%,QL=69.4%,QH=77.7%,MCC=0.45。结论:以氨基酸信息为特征指标，利用Fisher判别法能较好地区分两种Strand-Loop-Strand超二级结构模体。

• 单位
  包头医学院