1916年,俄属中亚地区爆发了民族大起义,导致了中亚各族人民的大逃亡,其中有20多万人涌入了中国新疆沿边各地,其中主要为柯尔克孜人。面对这次前所未有的难民危机,当时的新疆督军杨增新,从维护新疆安全和稳定出发,采取了灵活细致的应对措施,一方面进行防堵和驱逐,一方面从人道主义出发,给予安置和救济,对其加强管理,维护社会稳定,最后通过外交手段,与沙俄政府进行协商,最终于1918年秋冬之际妥善地完成了大部分难民的遣返工作。同时,也有部分柯尔克孜人滞留未归,成为现今阿克苏柯尔克孜人的主要来源。