树鼩脂肪转录组SNP位点发掘及其功能注释

作者：罕园园; 孙晓梅; 匡德宣; 陆彩霞; 仝品芬; 王文广; 李娜; 余波; 代解杰

来源：实验动物科学, 2016, (03): 13-19.

• 树鼩
• 转录组
• 单核苷酸多态性
• 功能注释

从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记。检测了6只动物共计274 278 568条unigene(总长度43 138 417 bp)序列信息后,在262 980条unigene(5.75%)中发现SNP位点263 071个,SNP发生频率为1/164 bp,其中转换(transition)177 562个,颠换(transversion)85 509个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85%和33.66%。将包含SNP位点的262 980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1 187个有GO注释、77个有COG注释和1 080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记。

• 单位
  云南省科学技术院; 中国医学科学院医学生物学研究所