谷氨酸棒杆菌不同生长时期非编码sRNA的预测与鉴定

作者：王弋; 范志豪; 饶志明; 徐美娟^*

来源：微生物学报, 2023, 63(10): 3876-3890.

DOI：10.13343/j.cnki.wsxb.20230109

• 谷氨酸棒杆菌
• 小的非编码RNA (sRNA)
• 生物信息学
• 全基因组分析
• sRNA-Detect

【目的】探究与挖掘不同生长时期谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)中潜在的小的非编码RNA (small non-coding RNA,s RNA)。【方法】检测不同时期和不同工业改造的谷氨酸棒杆菌菌株的RNA-Seq数据构建表达文库，通过s RNA-Detect和APERO两种方法构建潜在的s RNA数据库。以逆转录PCR检测(real-time reverse transcription PCR,RT-PCR)方法检测s RNA的表达，并通过生物信息学方法分析潜在s RNA的调控位点、二级结构及保守结构域。【结果】构建了包含2 653条潜在s RNA的数据库，依据其相较于编码序列(coding sequence,CDS)区域的位置进行分类、预测功能。发现了在高GC革兰氏阳性菌中普遍存在的s RNA00130，随生长时期表达量变化的s RNA00257，常时高表达的s RNA02036、s RNA02037等s RNA。依据自由结合能预测潜在s RNA可能的结合位点、二级结构，预测结果显示潜在的s RNAs同多种细胞复制、代谢通路基因相关。大多数潜在s RNA仅在谷氨酸棒杆菌中具有保守性。【结论】谷氨酸棒杆菌潜在s RNA的发掘对于填补谷氨酸棒杆菌生长调控机制的空缺具有重要作用，提供了新的可能的调控工具与改造位点。

• 单位
  工业生物技术教育部重点实验室; 江南大学; 生物工程学院