m7G甲基化相关基因与HIV-INR患者免疫特征的关联性研究

作者：杨茜萍; 韦宜汝; 黄颉刚

来源：广西医科大学学报, 2022, 39(12): 1903-1910.

DOI：10.16190/j.cnki.45-1211/r.2022.12.006

• HIV-1
• 7G甲基化" name="keyword">m7G甲基化
• 诊断
• 共识聚类

目的：探讨N7-位鸟苷(m7G)甲基化相关基因在HIV-1无免疫应答患者(HIV-INR)体内的变化及其与免疫功能的相关性。方法：基于多个GEO数据集，利用R语言软件包识别出m7G甲基化相关差异基因(DMGs)，利用广义线性模型(GLM)和支持向量机(SVM)以及列线图模型预测特征基因，与患者单样本基因集富集分析(ssGSEA)免疫细胞浸润进行相关性分析。共识聚类对差异基因等进行m7G聚类亚型分析，亚型之间的差异基因构建GO和KEGG富集通路等。结果：最佳模型SVM筛选出特征基因EIF3D和SNUPN，且与HIV-INR患者的免疫功能具有较强相关性。患者m7G聚类可以分为a、b两个亚型，亚型之间的m7G评分等存在显著差异，其上调、下调基因所富集的通路不同，与心肌缺血等严重非艾滋病事件相关。结论：m7G甲基化特征基因EIF3D、SNUPN的模型预测结果对HIV-INR患者的预后具有重要价值，可能是应对患者长期高效抗逆转录病毒治疗(HAART)下免疫反应障碍的新靶点。

• 单位
  公共卫生学院; 广西医科大学