基于高通量测序的蓝莓果实转录组SSR信息分析

作者：王小敏; 张春红; 胡丽超; 吴文龙^*; 李维林

来源：北方园艺, 2022, (13): 49-54.

• 蓝莓果实
• 转录组
• SSR
• 引物设计

以蓝莓品种‘巴尔德温’(Vaccinium Spp.var.Baldwin)的果实为试材，通过转录组高通量测序获得Unigenes数据，分析转录组的SSR信息，开发蓝莓EST-SSR功能性标记引物，以期为开展蓝莓的基因定位及果实品质形成的分子生物学机制等研究提供参考依据。结果表明：转录组测序共获得73 468条Unigenes,其中SSR位点发生频率为20.81%,含有序列的SSR位点3 354条。蓝莓果实转录组SSRs的平均长度为20 bp,平均分布频率为1/3.90 kb。在蓝莓转录组SSR中，2个碱基重复比例最高(41.02%),其次为单碱基重复。单个SSR位点的蓝莓转录组SSR共包含173种重复基元，A/T(36.56%)和AG/CT(41.03%)分别为优势重复基元类型，含有SSR位点的Unigene被富集到3个Ontology类别的57个GO term中，其中涉及生殖、结合、多细胞生物过程的GO term最多。基于蓝莓果实转录组信息分析，最终设计了82对SSR序列引物，开发这些潜在多态性高的SSR在蓝莓遗传育种研究和资源评价上具有较高的应用价值。

• 单位
  南京林业大学; 南方现代林业协同创新中心; 江苏省中国科学院植物研究所