本发明公开一种谷氨酸棒状杆菌的插入序列元件删除突变菌株的构建其应用,涉及微生物工程领域。所述的谷氨酸棒状杆菌插入序列元件删除突变菌株是谷氨酸棒状杆菌菌株ATCC13032敲除部分或全部插入序列元件后的菌株。所获得的插入序列删除突变株,DNA电转化效率和外源蛋白表达稳定性显著高于野生型菌株ATCC13032的能力。本发明所构建谷氨酸棒状杆菌插入序列删除突变菌株,可以用于谷氨酸棒状杆菌表达系统的宿主菌,用于重组制备外源蛋白(酶),也为谷氨酸棒状杆菌工程菌的改造提供了一种新的方法。