筛选活动性肺结核的潜在生物标志物的研究

作者：霍慧霞; 马雅静^*

来源：临床医学研究与实践, 2023, 8(13): 18-21.

DOI：10.19347/j.cnki.2096-1413.202313005

• 活动性肺结核
• 诊断标志物
• 差异表达基因

目的 应用生物信息学技术筛选与活动性肺结核（ATB）有关的基因作为诊断标志物。方法 使用R包“GEOquery”从基因表达综合数据库（GEO）下载GSE19435、GSE83456训练集和GSE34608验证集，筛选ATB患者（ATB组）和健康对照者（HC组）之间的差异表达基因（DEGs），通过Cytoscape软件MCODE插件确定Hub基因。最后，在验证数据集中对选定的Hub基因进行验证。结果 从两个数据集中共选出2 031个DEGs，其中1 234个基因上调，797个基因下调。在DEGs网络的9个模块中，将评分最高的模板所包含的基因作为Hub基因，包括26个核心蛋白和149条边。应用GSE34608数据集验证，结果提示鸟苷酸结合蛋白1(GBP1)、鸟苷酸结合蛋白2(GBP2)、角形四肽重复干扰素诱导蛋白3(IFIT3)和白细胞介素-15(IL-15)在ATB组和HC组的表达水平存在差异（P<0.05）。结论 最终筛选出的GBP1、GBP2、IFIT3和IL-15与ATB的发生、治疗密切相关，可作为ATB的诊断标志物。

• 单位
  石河子大学