不同植物CHI基因密码子使用特性及其影响因素分析

作者：蒋守华; 陈香华; 李闯; 贾波; 李刚; 刘满霞; 赵祥祥; 秦进华^*

来源：扬州大学学报（农业与生命科学版）, 2020, 41(01): 76-84.

DOI：10.16872/j.cnki.1671-4652.2020.01.014

• 植物
• CHI基因
• 密码子使用偏好性
• 影响因素

查耳酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成早期阶段的一个关键酶,在种皮发育和颜色形成过程中具有重要的调控作用,利用生物信息学软件分析22种植物CHI基因的密码子使用偏好性特点及其影响因素。结果表明:单子叶植物CHI基因偏好以碱基G/C结尾,而双子叶植物对碱基G/C和A/U结尾的偏好程度相似,双子叶植物具有较高的ENC值和较低的Fop值,表明双子叶植物CHI基因具有较弱的密码子偏好性; RSCU值聚类分析显示,AGG、AGA可能为植物CHI基因最优密码子;影响因素分析表明,不同植物CHI基因密码子不同位置的碱基组成差异程度较大,其偏好性主要受自然选择作用中的碱基组成(GC3s、GC12)影响较大,氨基酸平均亲水性(Gravy)对密码子使用偏好也有一定的影响;系统进化显示,大部分亲缘关系较近的物种密码子使用偏性也较相似,但某些传统分类上相似的物种存在一定的差异。

• 单位
  淮阴师范学院; 江苏徐淮地区淮阴农业科学研究所