云南省细粒棘球蚴线粒体CO1和ND1基因序列分析

作者：李奔福; 王正青; 徐倩; 字金荣; 严信留; 彭佳; 李建雄; 蔡璇; 吴方伟; 杨亚明^*

来源：中国寄生虫学与寄生虫病杂志, 2023, 1-6.

• 细粒棘球蚴
• CO1基因
• ND1基因
• 序列分析
• 云南省

目的分析云南省细粒棘球蚴线粒体细胞色素氧化酶1 (CO1)和NADPH脱氢酶第1亚基（ND1）的基因型和序列多态性。方法从云南省香格里拉市、大关县、洱源县、泸水市、维西县屠宰场采集牛、羊和放养猪的肝脏或肺，人源棘球蚴来自从剑川县、云龙县、隆阳区和玉龙县医院手术摘除的病灶组织，病原学鉴定后选取细粒棘球蚴，用DNA提取试剂盒提取基因组DNA, PCR扩增CO1和ND1基因并测序，通过BLAST比对分析序列一致性和单核苷酸多态性，用MEGA-X软件采用邻接法构建基于CO1和ND1的系统进化树系统进化树。结果共采集62份棘球蚴样品，其中36份病原学检测确定为细粒棘球蚴。CO1基因测序成功32条，其中15条为G1型，17条为G5型，长度分别为824和807 bp，提交至GenBank数据库获得的登录号为OP413393～OP413402、OP413498～OP413506和OP420520;ND1基因测序成功34条，其中11条为G1型，23条为G5型，长度分别为882和888 bp，提交GenBank数据库获得的登录号为OP471626～OP471638。序列多态性分析结果显示，CO1的G1、 G5型序列的变异位点分别占1.94%(16/824)、 3.10%(25/807); ND1的G1、 G5型序列的变异位点分别占0.45%(4/882)、 2.93%(26/888)。基因型多序列比对结果显示，CO1基因共有6条同源序列，其中G1型4条，同源序列的遗传距离分别为0.000 0～0.001 1、 0.000 0、 0.000 0～0.000 6和0.000 0～0.001 7; G5型2条，同源序列遗传距离分别为0.000 0～0.002 5和0.000 0～0.001 2。ND1基因共有3条同源序列，其中G1型1条，遗传距离为0.000 0～0.001 1; G5型2条，遗传距离为0.000 0和0.000 0～0.001 1。系统进化树分析结果显示，基于CO1和ND1基因的系统进化树均形成G1和G5型2个分支，G1型与中国中西部（青海、宁夏、甘肃）、四川，不丹、中东地区伊朗和约旦（GenBank登录号AF297617.1、 KJ628328.1、 EU072106.1、 MW138946.1、 AB688602.1）等的基因序列的亲缘关系较近；G5型与越南、中国广西、英国、波兰、赞比亚、法国、巴基斯坦、巴西、肯尼亚和纳米比亚（GenBank登录号MW558412.1、MN058591.1、KU378107.1、MZ322608.1、KU743915.1、KU743919.1、MN886291.1、KX010903.1、KU743918.1和KX138068.1）的亲缘关系较近。结论 云南省细粒棘球蚴流行株的基因型为G1和G5型，CO1和ND1基因均存在单核苷酸多态性。

• 单位
  云南省寄生虫病防治所