加权基因共表达网络分析法挖掘乳腺癌发生发展相关Hub基因

作者：张元欣; 杜正贵; 李宏江^*

来源：华西医学, 2020, 35(09): 1074-1081.

• 加权基因共表达网络分析法
• 乳腺癌
• 肿瘤
• 发生发展

目的从基因网络的层面挖掘出与乳腺癌发生发展过程相关的关键模块及Hub基因,并且验证这些Hub基因是否具有乳腺癌特异性。方法使用加权基因共表达网络分析法(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选出与乳腺癌发生发展相关的关键模块,用基因本体论数据库及京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对模块功能进行富集,进一步挖掘出与乳腺癌发生发展相关性最高的Hub基因。同时分析肿瘤合集中发生发展的Hub基因。结果 WGCNA一共定义了10个共表达模块,其中蓝色模块为与乳腺癌及其他恶性肿瘤发生发展相关的关键模块,该模块的基因在细胞周期(KEGG ID:cfa04110)和病毒致癌通路(KEGG ID:hsa05203)、癌症通路(KEGG ID:hsa05200)和系统性红斑狼疮(KEGG ID:hsa05322)等通路中显著富集。最终从蓝色模块中挖掘出与乳腺癌发生发展最为相关的8个Hub基因,包括NUSAP1、FOXM1、KIF20A、BIRC5、TOP2A、RRM2、CEP55、ASPM。其中NUSAP1、KIF20A、TOP2A、CEP55、ASPM与肿瘤合集的发生发展也密切相关。结论 WGCNA可以筛选出与感兴趣的临床特征相关且具有生物学意义的关键模块及Hub基因,这些Hub基因在乳腺癌发生发展中并不具有乳腺癌特异性。

• 单位
  四川大学华西医院