显齿蛇葡萄叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

作者：李清; 罗永坚; 葛蓉; 刘军

来源：广东农业科学, 2022, 49(11): 162-169.

DOI：10.16768/j.issn.1004-874X.2022.11.017

• 叶绿体
• 遗传进化
• 密码子使用偏好性
• 显齿蛇葡萄

【目的】显齿蛇葡萄（Ampelopsis grossedentata），是葡萄科（Vitaceae）蛇葡萄属（Ampelopsis）中的一种藤本植物，具有良好的药用价值。分析显齿蛇葡萄叶绿体基因组密码子使用偏好性及其主要影响因素，为其叶绿体基因组学研究、物种保护和种质创新提供参考。【方法】从NCBI在线数据库下载完整的显齿蛇葡萄叶绿体基因组序列，并进行蛋白编码序列筛选，再利用CodonW软件计算各基因的有效密码子数（ENC）、同义密码子相对使用度（RSCU）及密码子3个位置的GC含量，最后利用R软件计算各参数间的相关性并绘图。【结果】从显齿蛇葡萄叶绿体基因组中共筛选出59条蛋白编码序列。总的GC平均含量和密码子第3位碱基的GC平均含量分别为37.98%和29.45%,ENC值介于37.39～57.12之间，表明显齿蛇葡萄叶绿体基因组密码子使用具有较弱的偏好性。ENC-plot、PR2-plot及中性绘图分析表明，影响显齿蛇葡萄叶绿体基因组密码子使用偏好性的最主要因素为自然选择。此外，还鉴定出13个最优密码子，分别为UUU、CUA、AUA、UCA、CCA、ACA、GCA、CAU、GAU、UGA、AGA、GGA和GGG。【结论】研究结果为显齿蛇葡萄系统发育及叶绿体基因组密码子进化研究提供参考。

• 单位
  广东省农业科学院农业生物基因研究中心