基于鳃的microRNA转录组研究中国蛤蜊对重金属镉的响应

作者：张晶晶; 李宏俊; 秦艳杰; 刘敏; 叶晟

来源：海洋学报(中文版), 2016, 38(12): 118-131.

• 中国蛤蜊
• 镉
• microRNA
• 差异表达
• 功能基因

中国蛤蜊(Mactra chinensis)是一种重要的经济贝类,分布于我国的辽宁和山东。近年来,生境恶化和过度捕捞导致我国蛤蜊资源量减少。我们利用Illumina Hiseq-2500平台对中国蛤蜊鳃的microRNA转录组进行测序,运用差异表达寻找对镉刺激有响应的功能microRNA。结果显示对照组获得了14 415 256条clean reads,实验组获得了15 570 111条clean reads。在这些reads中一共存在14 584 077小RNA,包括1 898 035条unique小RNA,其中对照组和实验组共有187 859条unique小RNA。两个组的小RNA文库的片段长度分布是相似的,大部分小RNA长度分布在2627nt。在对照组文库中最丰富的片段长度是27nt,其次是28nt、26nt和23nt。在实验组文库中,数量最丰富的片段长度是26nt,其次是27nt、28nt和23nt。经过对序列前体以及结构特征的分析,发现这两个组中一共有50个microRNA,其中已知的是38个,新发现的是12个。对照组和实验组microRNA含量最丰富的片段长度是23nt。通过差异表达分析,5个microRNA基因具有显著性差异且从对照组到实验组的表达量是上调的,其余45个没有显著性的差异。把这50个序列与中国蛤蜊转录组进行比对,一共找到了542个靶基因。5个具有表达差异的基因一共比对到11个靶基因。把这11个靶基因与NCBI数据库比对,4个靶基因在COG中得到注释,1个靶基因在GO中得到注释,6个靶基因在KEGG中得到注释,11个靶基因在nr数据库中得到注释,注释到的基因有泛素蛋白连接酶E3,Wnt信号通路,G蛋白信号调控等。

• 单位
  生命学院; 国家海洋环境监测中心; 大连海洋大学