利用RAD-seq技术构建美洲黑杨×小叶杨的InDel遗传连锁图谱

作者：潘志良; 张金鹏; 柏胜军; 郦芝汀; 童春发

来源：分子植物育种, 2022, 1-7.

• 杨树
• 插入或缺失多态性
• 遗传连锁图谱
• 二代测序技术

插入或缺失多态性(insertion or deletion polymorphisms， InDel)是生物体中一种常见且具有重要功能的序列多态性类型。InDel在基因组中分布广泛，并且具有多等位性和共显性的特点。InDel不仅弥补了SSR数量少的缺点，而且比SNP更容易通过凝胶电泳进行检验，同时它对蛋白质的结构和功能会产生更大的影响。随着二代测序技术的进步，能够快速、经济、准确地识别群体中大量个体的InDel基因型，使得构建高密度InDel遗传连锁图谱成为可能。本研究以美洲黑杨和小叶杨的杂交F_(1)代群体中的两个亲本和140个子代为材料，构建了两个亲本的InDel遗传连锁图谱。以毛果杨基因组为参考序列，在两个亲本中共鉴定出129 167个InDel，其中来自母本美洲黑杨的有65 997个，来自父本小叶杨的有73 002个，两个亲本共有9 832个。经卡方检验，共获得1 620个符合孟德尔分离比的InDel标记，用于构建遗传连锁图谱。母本遗传图谱包含777个InDel标记和19个连锁群，图谱的总长度为2 867.76 cM，相邻标记间的平均距离为3.78 cM。父本的遗传图谱由669个InDel标记和19个连锁群组成，总长度为3 423.56 cM，平均标记间距为5.27 cM。结果显示两个亲本的连锁图谱与毛果杨参考基因组之间具有很高的共线性。本研究首次构建了杨树的InDel遗传连锁图谱，为研究杨树重要的经济和生态性状的遗传变异提供了不可或缺的遗传资源。

• 单位
  南京林业大学; 南方现代林业协同创新中心