胆管细胞型肝癌lncRNA-mRNA共表达网络的高通量基因芯片筛查分析

作者：唐津天; 王瑞宾; 王伯庆^*

来源：中国医药导报, 2021, 18(03): 21-198.

• 胆管细胞型肝癌
• 共表达网络
• 基因芯片
• 长链非编码RNA

目的探索胆管细胞型肝癌的长链非编码RNA(lncRNA)-信使RNA(mRNA)共表达网络,并对差异表达的lncRNA进行功能分析。方法选取2017年1月—6月在新疆医科大学附属肿瘤医院肝胆外科手术切除的5例胆管细胞型肝癌新鲜组织标本。采用高通量芯片技术对5例胆管细胞型肝癌组织进行mRNA和lncRNA差异表达谱分析,构建lncRNA-mRNA共表达网络。选择显著差异的Top1 lncRNA进行mRNA共表达筛查,进行GO分析和Pathway分析。并对Top1 lncRNA及其共表达mRNA在其他30例胆管细胞型肝癌标本中进行验证。结果在筛选阈值为P≤0.05,log2|差异倍数|≥1(FC)的情况下,获得差异基因共计475个,其中上调mRNA 213个,下调mRNA 262个;获得差异lncRNA共计438个,其中上调lncRNA131个,下调lncRNA307个。筛选获得Top1lncRNA为氨基甲酰磷酸合成酶Ⅰ-内含子转录本1(CSP1-IT1)。GO分析和Pathway分析结果示CSP1-IT1与20个生物过程和2个细胞组成功能相关,涉及8个细胞信号通路。结论胆管细胞型肝癌中存在的mRNA和lncRNA形成复杂的共表达网络,参与多个重要的生物学过程。

• 单位
  新疆医科大学附属肿瘤医院; 新疆医科大学