动脉粥样硬化合并糖尿病的加权基因共表达网络构建与分析

作者：孙琪; 徐莹; 李兴江; 刘跃光^*

来源：中国动脉硬化杂志, 2020, 28(10): 867-874.

• 生物信息学
• 加权基因共表达网络分析
• 动脉粥样硬化
• 糖尿病

目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)来识别动脉粥样硬化(As)合并糖尿病有关的功能基因模块。方法从基因表达数据库(GEO)中下载GSE23304数据集,其中包含101例As外周斑块样本(其中25例患有糖尿病)的基因表达谱,使用WGCNA对数据集进行模块化分析并关联临床表型数据,根据相关系数大小,识别出与As最为相关的表型所在的模块,并对模块内基因进行功能注释(DAVID),最后使用STRING进行蛋白互作网络分析。结果使用WGCNA分析,最终得到了33个模块,其中As中识别到的Darkturquoise模块与糖尿病最为相关,认为Darkturquoise为糖尿病合并As的关键基因模块。结论 WGCNA分析方法识别出的As关键基因模块Darkturquoise在糖尿病中可能起到重要作用。

• 单位
  牡丹江医学院