基于TCGA数据库的肾嫌色细胞癌生物信息学分析

作者：瞿根义; 王佳威; 徐勇^*; 阳光; 聂海波; 黄文琳; 汤乘

来源：现代泌尿外科杂志, 2021, 26(01): 62-68.

• 肾嫌色细胞癌
• TCGA数据库
• 生物信息学
• 差异表达基因
• 关键基因

目的基于TCGA数据库肾嫌色细胞癌基因表达谱数据,探讨肾嫌色细胞癌发生的关键基因。方法从癌症基因图谱(TCGA)数据库中提取及筛选肾嫌色细胞癌数据集,并利用R软件的edgeR算法对肾嫌色细胞癌的差异表达基因进行分析,随后对差异表达基因进行火山图绘制,并进一步结合DAVID和STRING在线生物信息学工具对差异表达基因进行调控网络分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件进行Hub基因筛选,最终对挖掘到的关键基因进行生存分析。结果通过分析共挖掘肾嫌色细胞癌差异表达基因1 850个,其中表达上调基因760个,表达下调基因1 090个,对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,利用在线生物信息学工具构建PPI网络,使用Cytoscape软件获取PPI网络中前10位Hub基因,分别是KNG1、AGT、CASR、SST、AGTR2、PMCH、GNG4、DRD2、MCHR2、SSTR3。对上述Hub基因进行生存分析,发现仅有MCHR2与肾嫌色细胞癌的总生存率(OS)有显著相关性(P<0.05)。结论基于TCGA数据库挖掘肾嫌色细胞癌10个关键基因,将有助于深入了解肾嫌色细胞癌发生发展的过程,MCHR2有可能成为肾嫌色细胞癌潜在的治疗靶点及预后标志物。

• 单位
  中南大学湘雅医学院