基于生物信息学分析探究银屑病关键基因和通路

作者：刘萌; 段琪琪; 王敏; 张梦迪; 肖生祥^*; 郑焱

来源：中国皮肤性病学杂志, 2019, 33(11): 1232-1238.

DOI：10.13735/j.cjdv.1001-7089.201903031

• 银屑病
• 生物信息学
• 差异基因
• 富集分析
• 发病机制

目的通过生物信息学方法,寻找在银屑病中差异表达的基因,明确其功能,探讨银屑病的发病机制。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载GSE6710数据集,以P<0.05及表达变化大于1.5倍筛选差异基因。结果共筛选出275个差异基因,其中160个上调基因,115个下调基因。对差异基因进行GO和KEGG富集分析,GO分析显示上调基因主要富集的生物过程为免疫应答、趋化作用、有丝分裂和炎症反应;下调基因主要富集的生物过程为糖代谢过程、药物反应、分泌调节和急性炎症反应。KEGG分析显示差异基因主要富集的信号通路包括:趋化因子信号通路、细胞因子-细胞因子受体信号通路、RIG-I样受体信号通路、PPAR信号通路。PPI网络分析得到的10个枢纽基因为:IL-8、CCNB1、CDC20、IFIT1、GBP1、DDX58、ISG15、MX1、OAS2、IRF7。结论 IL-8、CCNB1、CDC20、IFIT1等基因可能参与银屑病的发病机制。

• 单位
  西安交通大学第二附属医院