本发明公开了一种低压键合制作微纳米流控系统的方法,其特征是首先以玻璃片为基底,制得具有光栅图形的KMPR母版,并制得到PDMS软印章;再利用PDMS软印章制得后续制作纳米通道的光栅纳米尺寸结构Si基底;另取PET片制得具有双层SU-8光刻胶的PET片材;再将光栅纳米尺寸结构Si基底和具有双层SU-8光刻胶的PET片材经低压键合制作微纳米流控系统。本发明方法制作的通道的均匀性好,不易出现堵塞,成功率高;本发明方法操作灵活,制造成本低,利于大面积生产。