基于16S rRNA高通量测序分析9种中药饮片污染微生物群落特征

作者：陈柯; 陈敏; 林黎; 邹惠亮

来源：中医药导报, 2022, 28(09): 53-61.

DOI：10.13862/j.cn43-1446/r.2022.09.009

• 高通量测序
• 中药饮片
• 微生物污染
• 群落特征
• 耐胆盐微生物
• 16S r RNA

目的：基于16S核糖体RNA(16S r RNA)高通量测序分析浙江省湖州市南太湖地区9种中药饮片的污染微生物群落特征。方法：根据《中华人民共和国药典》（2020年版）对柴胡、白术、山药、玄参、麦冬、焦栀子、砂仁、铁皮枫斗、金银花共9种中药饮片进行控制菌检查和分类鉴定，同时采用16S rRNA高通量测序法测定基因序列并将优化后的序列与数据库比对，进行多样性分析，分析微生物群落特征。结果：（1）90批中药饮片中有1批山药检测出沙门菌和大肠埃希菌，有41批（45.56%）检出耐胆盐革兰氏阴性菌。经菌落鉴定共获得4个科10个属共15种污染微生物，其中包括阴沟肠杆菌、铜绿假单胞菌、阪崎克罗诺杆菌、沙门氏菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯氏菌、鲍曼不动杆菌、奇异变形杆菌等致病菌或条件致病菌。（2）高通量测序共获得32个属、186种污染微生物，山药、白术、柴胡鉴定出的微生物种类最高，分别为112、95、88，焦栀子、铁皮枫斗和麦冬获得微生物种类最少，分别为20、26、34。经多样性分析，柴胡、白术和山药具有最高的Chaol指数，柴胡、山药和砂仁具有最高的Shannon指数，柴胡、山药和砂仁具有最高的Simpson指数。优势菌属为肠杆菌属、假单胞菌属、泛菌属、变形杆菌属、不动杆菌属、克罗诺杆菌属、克雷伯氏菌属、芽孢杆菌属、葡萄球菌属、链球菌属、肠球菌属。结论：上述中药饮片中存在微生物污染，有一定的致病风险。与传统平板培养相比较，高通量测序可以更加全面、快速获得中药饮片中的微生物信息和群落特征。