通过DEA-Malmquist法对2009-2019年我国高校科技创新效率进行分析,对比5类高校科技创新投入产出效率,实证研究表明:不同类型高校科技创新效率存在差异,工科院校、医药院校技术效率指数高出其他类型高校;综合性大学、师范院校、医药院校规模效率指数靠前。结合研究,提出高校科技创新效率提升对策建议。