长尾草金鱼成熟期雌雄性腺RNA-Seq转录组分析

作者：张升利; 付成东; 梁拥军; 李文通; 孙砚胜; 史东杰; 张欣

来源：水产科学, 2014, 33(12): 750-756.

DOI：10.16378/j.cnki.1003-1111.2014.12.006

• 金鱼
• 性腺
• 转录组
• 微卫星
• 单核苷酸多态性

为探究长尾草金鱼成熟期雌雄性腺的RNA-Seq转录组,运用Illumina RNA测序技术,对长尾草金鱼成熟期性腺分别进行了转录组测序。其中卵巢经两端测序共获得清洁数据61769892条,含有6.18G碱基,平均错误率0.03%,左右端测序GC含量分别为51.15%和51.2%。精巢经两端测序共测得清洁数据69557514条,含有6.96G碱基,平均错误率0.03%,左右端测序GC含量分别为48.91%和49.44%。两个转录组数据混合拼接后得到170245个转录本,共80591个独立基因。将上述独立基因与多个数据库进行比对,得到注释的基因为51364条,占总数的63.73%。基因本体分类中,细胞过程、细胞、绑定等二级分类为条数较多分类项。转录组数据经筛查共得到17347个微卫星标记和363416个单核苷酸多态性标记。两个转录组基因表达量差异比较结果显示,雌雄样本间表达差异基因共6317个。上述工作不仅为该种的基因克隆和标准及筛选提供了基础数据,也为分子水平阐明其性腺分化和发育机理打下了基础。

• 单位
  辽宁省海洋水产科学研究院; 农业部; 北京市水产科学研究所