银屑病合并动脉粥样硬化的发病机制：基于转录组数据的生物信息学分析

作者：郑花香; 郑建建; 倪超然^*

来源：皮肤性病诊疗学杂志, 2023, 30(04): 340-348.

• 银屑病
• 动脉粥样硬化
• 生物信息学分析
• Ⅰ型干扰素信号
• 固有免疫反应

目的 鉴定银屑病和动脉粥样硬化症的共病核心基因。方法 从GEO数据库下载3个银屑病和3个动脉粥样硬化样本的转录组数据集，采用深度学习算法对两种疾病数据集进行合并和批次校正，利用limma包对病灶和正常组织的差异表达基因取交集，用STRING和CytoHubba插件构建蛋白-蛋白交互网络并识别核心基因。结果 差异表达基因的交集分析发现在两种病灶中共有132个基因上调、114个基因下调，对这246个差异表达基因构建交互网络鉴定出10个共病核心基因：MX1、OAS1、OAS2、OASL、IFIT1、RSAD2、CXCL10、IFIT3、XAF1和IL1B,其中前6个在Ⅰ型干扰素信号通路富集。两个外部验证集独立验证了核心基因CXCL10的表达。结论 CXCL10是银屑病和动脉粥样硬化的关键共病基因，两种疾病发生过程中共享核心基因的激活模式类似于人体固有免疫反应对抗病毒入侵的模式。