梳理明清时期南京地区疫病情况，共有82个年份发生疫病，集中在明崇祯年间、嘉靖年间、万历年间和清光绪年间、乾隆年间、道光年间；明代好发于夏季，清代好发于夏、秋两季，以单一季节为主；疫病多集中在上江两县，明嘉靖三年(1524)和清光绪十九年(1893)疫病流行区域最广。清末南京地区发生最多的疫病是霍乱，其次为疟疾和痢疾。影响明清南京地区疫病发生和流行的主要因素是气候异常、旱灾、饥荒、水灾、地震及战争等。提示在健全完善公共卫生防疫体系时，必须重视保护和改善生态环境。
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