适于陆地棉品种身份鉴定的SNP核心位点筛选与评价

作者：朱国忠; 张芳; 付洁; 李乐晨; 牛二利; 郭旺珍^*

来源：作物学报, 2018, 44(11): 1631-1639.

• DNA芯片
• 指纹图谱
• SNP
• 核心位点
• 陆地棉

利用全基因组SNP信息,筛选陆地棉品种特异的核心SNP位点组合,可为陆地棉品种身份鉴定提供准确高效的检测手段。本研究利用棉花CottonSNP80K芯片对326份不同来源的陆地棉种质进行SNP分型。以南京农业大学陆地棉TM-1基因组Gossypium hirsutum (AD1) genome NBI v1.1版本为参考序列,对SNP位点进行注释。结果表明, 93.85%(72 990/77 774)的位点检出率超过99%, 61 595 (79.20%)个SNP位点具有多态性,其中76.32%(47 009)的位点最小等位基因频率(MAF)大于0.1。基于位点检出率大于0.99、位点具多态性、MAF大于0.2、杂合率小于0.05、每条染色体的SNP密度为400 kb/SNP左右等要求,最终获得4857个覆盖全基因组的高质量核心SNP位点组合。这些核心SNP位点组合平均检出率接近100%;平均MAF值为0.34;平均杂合率为0.02; 99%以上的陆地棉材料均能够被准确鉴定。统计分析表明利用核心SNP位点组合与CottonSNP80K的鉴定结果呈极显著相关。本研究提供了包含4857个SNP位点,适于陆地棉品种指纹图谱绘制的核心SNP位点组合,可实现陆地棉品种身份鉴定和品种确权。

• 单位
  作物遗传与种质创新国家重点实验室; 南京农业大学