CVA6高通量测序方法的建立及应用

作者:裴书君; 李懿; 卢世栋; 索文帅; 王笑阳; 陈泽倩; 王若琳; 黄学勇
来源:现代预防医学, 2023, 50(09): 1700-1705.
DOI:10.20043/j.cnki.MPM.202208464

摘要

目的 建立柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CVA6)基于多重PCR扩增的高通量测序方法,并应用于CVA6的基因进化研究。方法 利用PRIMER5.0设计7对CVA6型特异性引物,在同一体系构建并优化多重PCR高通量测序方法,并应用该方法对河南省39份CVA6标本开展基因测序,分析核苷酸氨基酸同源性和构建系统进化树。结果本研究成功建立基于多重PCR的CVA6高通量测序方法,基因特征分析表明此次河南省检出的CVA6流行亚型为D3a亚型,与山东、湖南、浙江、云南、辽宁、江西等地区的毒株亲缘关系较近。结论 本研究建立CVA6的高通量测序方法特异性强,扩增效率高,为CVA6型基因型遗传特征和变异规律提供了技术支持,可应用于CVA6的同源性分析及基因进化研究分析。

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