蓖麻E2基因家族鉴定及生物信息学分析

作者：张洪雨; 王晓宇; 段琼; 刘栩铭; 孟迪; 张继星^*

来源：内蒙古民族大学学报(自然科学版), 2020, 35(06): 489-496.

DOI：10.14045/j.cnki.15-1220.2020.06.006

• 蓖麻
• 泛素结合酶
• 基因家族鉴定
• 生物信息学分析

泛素蛋白酶体途径(Ubiquitin proteasome pathway)能使蛋白质选择性降解,在植物生长发育过程中起着非常重要的作用.泛素结合酶(Ubiquitin-conjugating enzyme,UBC)E2是该途径中一种非常重要的酶,在植物遭受非生物胁迫时起重要作用.目前,已在12种植物中鉴定了E2基因家族,但在植物蓖麻中E2基因家族的系统鉴定与分析鲜见报道.为揭示蓖麻E2家族的功能,本研究运用生物信息学方法鉴定得到33个泛素结合酶的家族基因,对其理化性质、蛋白结构及系统进化等进行分析.结果表明,蛋白质的氨基酸长度在102～568 aa之间;RcUBC蛋白的分子量范围为11.298 12～62.931 83 MW·KD-1;等电点介于4.34～9.47之间;不稳定系数范围为25.93～73.04;大部分蛋白无跨膜结构;脂肪系数在62.30～92.55之间;33个蛋白质的亲水性数值皆为负值,属于亲水性蛋白;二级结构主要组成部分是α-螺旋和无规则卷曲,延伸链次之,β-转角占很小的一部分;蓖麻RcUBC蛋白定位于多个细胞器可反映出RcUBC基因家族功能的多样性;根据进化树分析,RcUBC被分为4个亚家族,且同一亚家族的成员具有相似特性;对蓖麻RcUBC基因家族的33个蛋白序列进行比对分析发现Motif 1保守基序有很高的保守性.本研究可为蓖麻RcUBC基因家族功能的进一步研究提供参考.

• 单位
  内蒙古民族大学