2021年海南省2例轻型新冠肺炎病例相关新冠病毒德尔塔变异株的分子特征分析

作者：孙初阳; 遇晓杰; 蔡英桂; 李丹丹; 黄涵; 曾祥洁; 王如敏; 陈海云; 曾云婷; 潘正帆; 邝仕壮; 甘晓婷; 张亚淋; 吴庆梓; 陈言^*

来源：病毒学报, 2022, 38(06): 1281-1288.

DOI：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.004183

• 新型冠状病毒
• 德尔塔
• 全基因组
• 变异株

本文对2021年海南省2例感染引起本土轻型新冠肺炎病例的新冠病毒进行全基因组测定和序列分析，研究该病毒的分子特征和分子进化规律。通过荧光定量RT-PCR法检测ORF1ab和N靶基因，应用Illumina公司的MiSeq深度测序平台进行全基因组序列测定，使用MEGA 10.1.8和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和分析，并采用邻位归并法（Neighbour-joining）绘制系统进化树。2例新冠病毒（HN0801和HN0802）均属于德尔塔变异株，与武汉参考序列（NC＿045512）基因序列相似性分别为99.7%和99.8%，系统进化树显示它们位于同一进化分支（B.1.617.2）的不同簇上，共有45个核苷酸突变位点，引起38个氨基酸位点改变，其中34个错义突变、6个同义突变、4个氨基酸位点缺失；刺突（S）糖蛋白发现B.1.617.2谱系共同突变特征L452R、T478K，以及T19R、G142D、D614G、P681R、D950N、R158G关键变异位点。HN0801同2021年7月江苏省南京市代表株基因序列100%相似，而HN0802与南京市疫情代表株基因组相似性较低。结合流行病学调查和基因组序列分析，这2例新冠病毒均属于新冠病毒德尔塔变异株，2例确诊病例之间没有明确的流行病学关联，为两条不同的传播链引起的相互独立的散发病例。本研究为海南省新冠病毒变异株的监测和新冠疫情防控提供了基础数据。

• 单位
  海南省疾病预防控制中心