基于山药转录组测序的EST-SSR信息分析及分子标记开发

作者：李锦超; 董俊美; 贾凯旋; 孟义江; 侯孟泽; 杨太新; 葛淑俊

来源：分子植物育种, 2022, 1-18.

• 山药
• 转录组
• SSR分子标记

山药（Dioscorea opposita Thunb.）为药食同源作物，为解析其遗传背景，本研究基于山药珠芽转录组数据挖掘SSR位点。结果表明，在46 701条Unigenes中检测到24 467个SSR，平均每2.29 kb发现1个SSR位点，发生频率33.78%，出现频率52.39%。重复基元类型中单核苷酸占比52.64%，A/T基元最多，其次，二、三核苷酸重复类型分别占23.66%和20.42%，六核苷酸重复类型最为丰富，有112种；SSR基元重复次数多为5～10次，除单碱基类型外，6次重复位点最多；SSR基序长度主要为10～15 bp，占总数的59.64%。随机合成50对不同重复基元类型EST-SSR引物，对29份不同山药种质资源模板进行PCR扩增及电泳分析，47对引物为有效引物，82%的引物呈现多态性；聚类分析表明，29份资源可大致分为3大类群，分为北方山药、南方参薯及混杂类群。以上结果显示，山药转录组SSR位点类型丰富、数量较多、发生频率较高，可为山药种质资源鉴定、遗传多样性分析及分子标记辅助育种等提供基础。

• 单位
  河北农业大学; 生命科学学院