基于Illumina Miseq高通量测序技术分析幼龄比格犬肠道菌群多样性

作者：胡军; 孙毅; 郑江平; 滑志民; 李尚同^*

来源：黑龙江畜牧兽医, 2022, (11): 90-140.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2021.08.0131

• 幼龄比格犬
• 粪便
• 肠道菌群
• 高通量测序
• 物种组成
• 优势菌群

为了探究幼龄比格犬肠道菌群的丰度和多样性，试验采用Illumina Miseq高通量测序技术检测了8只40日龄比格犬(公母各半)粪便样本(OG1～OG8)的细菌16S rRNA基因V3和V4区域扩增子，测序的原始序列经处理后得到最终有效序列，按照97%相似性对有效序列进行操作分类单元(OTU)聚类、α多样性分析和物种注释，并绘制样本群落结构分布柱状图。结果表明：共获得336 153条有效序列，共聚类得到2 997个OTU。OG4样本个体的物种丰度最高，OG7样本个体的群落多样性最高。对测序数据处理后共获得15个门和169个属，在门水平上，厚壁菌门(Firmicutes)是优势菌门，占比为65.35%;在属水平上，丰度较高的菌属依次为乳杆菌属(Lactobacillus)占比42.88%,梭杆菌属(Fusobacterium)占比8.90%,链球菌属(Streptococcus)占比6.68%,巨球型菌属(Megasphaera)占比6.53%,厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum)占比4.84%,拟杆菌属(Bacteroides)占比4.75%。说明幼龄比格犬肠道菌群具有较高的丰度和多样性，可以作为揭示肠道菌群与相关疾病的动物模型。

• 单位
  上海农林职业技术学院